Stowarzyszenie Miłośników Egiptu „Herhor” zawiązało się we wrześniu 2000 r. z inicjatywy dużej grupy osób wspierających działania Polskiej Misji Archeologicznej w Deir el-Bahari, zwanej Misją Skalną.

Gdy okazało się, że istnieją trudności z przekazywaniem subwencji na tę misję za pośrednictwem fundacji, jaka była początkowo wskazana darczyńcom, padła propozycja powołania niezależnego stowarzyszenia, którego jednym z zadań statutowych byłoby wspieranie polskich badań archeologicznych w Egipcie. Jednocześnie od dawna było wiadomo, że Egipt – zarówno starożytny jak współczesny – stanowi obiekt szczerej fascynacji dla wielu osób i że stworzenie forum, jakie umożliwiłoby wzajemne kontakty między takimi osobami może się spotkać z powszechną pozytywną reakcją.

We wrześniu 2000 r. na zebraniu założycielskim grono ponad 50 osób podpisało wolę założenia Stowarzyszenia. Swą nazwę Stowarzyszenie zawdzięcza hipotezie, że Misja Skalna w swoich badaniach jest na tropie grobowca arcykapłana i króla Herhora z końca XX Dynastii, którego postać jest w Polsce dobrze znana dzięki uczynieniu z niej jednego z bohaterów (choć negatywnych) powieści „Faraon” Bolesława Prusa.

Formalności związane z rejestracją Stowarzyszenia trwały kilka miesięcy i ostatecznie w lutym 2001 r. Sąd Rejestrowy dla M. St. Warszawy wydał wyrok powołujący Stowarzyszenie do życia.

Od września 2005 r. Stowarzyszenie Miłośników Egiptu „Herhor” ma status Organizacji Pożytku Publicznego.